Số rác này do hơn 2.000 người dân sống trên các đảo Vũng Ngán, Hòn Một, Đầm Bấy và Bích Đầm (phường Vĩnh Nguyên) xả ra; cùng với 6.000 lồng nuôi thuỷ sản ngay trong vịnh và từ tàu thuyền đánh cá, tàu thuyền du lịch, khách du lịch xả trực tiếp, chưa kể rác sinh hoạt của người dân sống trên thượng nguồn theo sông Tắc và sông Cái đổ vào vịnh.

Để khắc phục, tỉnh Khánh Hoà bắt đầu triển khai phương án "Phối hợp quản lý thu gom, vận chuyển rác trên các đảo và các lồng bè nuôi trồng thủy sản trong vịnh Nha Trang về bãi rác thành phố".

Theo đó, Ban quản lý Khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang đầu tư ban đầu trên 102 triệu để xây dựng các hầm xử lý rác, trang bị 21 thùng đựng rác và 4 xe đẩy chở rác tại các đảo; thuê tàu và 10 nhân công làm việc hàng ngày để thu gom và đưa số rác thải từ các đảo, các khu vực nuôi thủy sản vào đất liền.

Đơn vị này còn tổ chức phương tiện để vớt rác trôi nổi trên mặt nước trong vịnh, trước mắt trong vùng lõi khu bảo tồn biển; bắt buộc các tàu thuyền chở khách du lịch trong vịnh phải trang bị thiết bị nhà vệ sinh chuyên dùng bằng công nghệ tự hoại, dụng cụ đựng rác để đưa vào bờ xử lý.

Để tạo nguồn kinh phí duy trì hoạt động lâu dài, Khánh Hoà cho phép Ban quản lý Khu bảo tồn biển vịnh Nha Trang tổ chức thu phí vệ sinh đối với các hộ dân sống trên đảo và đang nuôi thuỷ sản trong vịnh, với mức 5.000đ/tháng/hộ, và 1.500đ/lồng nuôi. Dự kiến mỗi năm nguồn thu này đạt khoảng 99 triệu đồng.